liminfo

KEGG Pathway Reference

KEGG 대사경로/신호전달경로 ID/맵 레퍼런스

27개 결과

KEGG Pathway Reference 소개

KEGG 경로 레퍼런스는 교토 유전자 및 게놈 백과사전(KEGG)을 검색할 수 있는 치트시트로, 경로 ID 형식(hsa, map, ko 접두사), 종 약어(인간 hsa, 생쥐 mmu, 대장균 eco), KEGG Orthology(KO) 식별자, MODULE 기능 단위, 그리고 list, get, find, conv(ID 변환), link(크로스레퍼런스) 엔드포인트를 포함한 KEGG REST API 전체를 다룹니다.

생물학 경로 섹션에서는 핵심 대사경로(해당과정/포도당신생합성 hsa00010, TCA 회로 hsa00020, 산화적 인산화 hsa00190, 지방산 합성 hsa00061, 아미노산 대사), 주요 신호전달 캐스케이드(MAPK hsa04010, PI3K-Akt hsa04151, Wnt hsa04310, p53 hsa04115, NF-kB hsa04064), 질병경로(암, 감염 질환, 신경퇴행성 질환), 화합물/약물 데이터베이스와 BRITE 분류를 다룹니다.

생물정보학자, 분자생물학자, 유전체학 연구자, 생명과학 학생 등 KEGG 경로 번호, 프로그래밍 방식의 데이터 검색을 위한 REST API URL 패턴, 대사경로의 핵심 효소명, 신호전달 캐스케이드 구성요소, 질병 관련 경로 식별자에 빠르게 접근해야 하는 분들을 위해 설계되었습니다.

주요 기능

  • KEGG 경로 ID 형식 — 종 접두사(hsa, mmu, sce, eco, ath)와 참조 맵 번호 체계
  • KEGG REST API 전체 레퍼런스 — list, get, find, conv(NCBI/UniProt/PubChem 변환), link 엔드포인트
  • 핵심 대사경로 — 해당과정(hsa00010), TCA 회로(hsa00020), 산화적 인산화(hsa00190)
  • 주요 신호전달 캐스케이드 — MAPK, PI3K-Akt-mTOR, Wnt/beta-catenin, p53 종양억제, NF-kB 염증
  • 질병경로 ID — 암(hsa05200 시리즈), 감염질환(COVID-19, HIV), 신경퇴행성(알츠하이머, 파킨슨)
  • KEGG 화합물 ID — 주요 대사산물(포도당 C00031, 피루브산 C00022, ATP C00002, NAD+ C00003)
  • KEGG Drug 데이터베이스 검색 및 BRITE 생물학적 분류 계층 시스템
  • KO(KEGG Orthology) 식별자 — 종간 상동 유전자 그룹 매핑

자주 묻는 질문

이 KEGG 레퍼런스는 어떤 주제를 다루나요?

6가지 카테고리를 다룹니다. 경로 ID(형식, 종 접두사, KO 식별자, MODULE), REST API(list, get, find, conv, link, 이미지 다운로드), 대사경로(해당과정, TCA 회로, 산화적 인산화, 지방산 합성, 아미노산 대사), 신호전달(MAPK, PI3K-Akt, Wnt, p53, NF-kB), 질병경로(암, 감염, 신경퇴행성), 화합물/약물(화합물 ID, 약물 데이터베이스, BRITE 분류)입니다.

KEGG 경로 ID는 어떻게 구성되나요?

KEGG 경로 ID는 3-4글자 종 접두사와 5자리 숫자로 구성됩니다. 예를 들어 hsa00010은 인간 해당과정, mmu00010은 생쥐 해당과정, map00010은 종 비특이적 참조 경로입니다. hsa는 Homo sapiens(인간), mmu는 Mus musculus(생쥐), eco는 E. coli(대장균)를 나타냅니다.

어떤 KEGG REST API 엔드포인트를 다루나요?

주요 엔드포인트를 모두 다룹니다. /list(데이터베이스 항목 목록), /get(상세 정보 조회), /find(키워드 검색), /conv(KEGG와 외부 데이터베이스 간 ID 변환: NCBI Gene ID, UniProt, PubChem), /link(KEGG 데이터베이스 간 크로스레퍼런스), /get/{id}/image(경로 맵 PNG 다운로드)입니다.

어떤 대사경로가 포함되어 있나요?

핵심 대사경로로 해당과정/포도당신생합성(hsa00010, 핵심 효소: HK, PFK, PK), TCA 회로(hsa00020, CS, IDH, alpha-KGDH), 산화적 인산화(hsa00190, Complex I-V, 포도당당 30-32 ATP 생산), 지방산 합성(hsa00061, ACC, FAS), 주요 아미노산 대사경로 개요가 포함됩니다.

어떤 신호전달 경로를 다루나요?

5가지 주요 신호전달 캐스케이드를 다룹니다. MAPK(RTK-Ras-Raf-MEK-ERK, RAS 돌연변이 약 30% 암), PI3K-Akt-mTOR(PTEN 음성 조절자), Wnt/beta-catenin(APC 돌연변이와 대장암), p53 종양억제(ATM/ATR-p53-p21/BAX, MDM2 조절), NF-kB 염증 경로(TNF/IL-1의 IKK 신호전달)입니다.

질병경로도 포함되어 있나요?

네. 암 경로로 일반 암 경로(hsa05200), 대장암(hsa05210), 폐암(hsa05223), 유방암(hsa05224), 간암(hsa05225)이 포함됩니다. 감염 질환으로 COVID-19(hsa05171), HIV(hsa05170), 세균 감염이 있고, 신경퇴행성 경로로 알츠하이머(hsa05010), 파킨슨(hsa05012), ALS(hsa05014), 헌팅턴병(hsa05016)이 포함됩니다.

KEGG ID와 다른 데이터베이스 간 변환은 어떻게 하나요?

KEGG REST API conv 엔드포인트를 사용합니다. 예를 들어 rest.kegg.jp/conv/ncbi-geneid/hsa는 인간 KEGG 유전자 ID를 NCBI Gene ID로, /conv/hsa/uniprot는 UniProt을 KEGG로, /conv/compound/pubchem은 PubChem 화합물 ID를 KEGG 화합물 ID로 변환합니다.

이 KEGG 경로 레퍼런스는 무료인가요?

네, 회원가입 없이 완전히 무료로 사용할 수 있습니다. 모든 콘텐츠가 브라우저에서 실행되며 서버로 데이터가 전송되지 않습니다. liminfo.com의 무료 생물정보학 및 생명과학 레퍼런스 도구 모음의 일부입니다.