liminfoPRIMER Reference
PRIMER 해양군집생태 nMDS/ANOSIM/PERMANOVA 레퍼런스
PRIMER Reference 소개
PRIMER 레퍼런스는 PRIMER v7(Plymouth Routines In Multivariate Ecological Research)과 PERMANOVA+ 애드온의 상세한 검색 가능한 가이드입니다. 데이터 전처리와 변환부터 유사도 계산, 서열화, 군집분석, 통계적 가설 검정, 종 기여도 분석, 환경 연관 모델링까지 다변량 분석 전체 워크플로를 다룹니다.
해양생물학자, 군집생태학자, 환경과학자, 대학원생을 위해 설계되었으며, Bray-Curtis 유사도, nMDS 서열화와 스트레스 해석, ANOSIM/PERMANOVA 가설 검정, SIMPER 종 기여도 분석, BEST/BIO-ENV 환경 매칭, DistLM과 dbRDA 제약 서열화, Shannon/Simpson/분류학적 독특성 등 다양성 지수에 빠르게 접근할 수 있습니다.
모든 항목에 정확한 PRIMER 메뉴 경로(예: Analyse > MDS > non-metric MDS)와 매개변수 해석 기준, 실용적 판단 기준이 포함되어 있습니다. 개요, 전처리, 유사도, 서열화, 군집분석, 통계 검정, 종 기여도, 환경 연관, 시각화, 다양성 카테고리로 정리되어 있습니다.
주요 기능
- 모든 분석에 대한 PRIMER v7 메뉴 경로 완전 참조 — Analyse > MDS부터 PERMANOVA+ > DistLM까지
- Bray-Curtis 및 유클리드 거리 공식과 각 유사도 측정의 적절한 사용 상황 안내
- nMDS 스트레스 값 해석 기준 — 매우 좋음(< 0.05), 좋음(< 0.10), 유용(< 0.20) 임계값 제공
- ANOSIM R 통계량과 PERMANOVA Pseudo-F 해석 및 쌍별 사후검정 가이드
- SIMPER 종별 기여도 분석 — 평균 비유사도, 누적 %, 판별종 비율 설명
- BEST/BIO-ENV 및 DistLM — 환경 변수와 군집 패턴 연결, 변수 선택 기준 안내
- 다양성 지수 계산 — Shannon H', Simpson 1-Lambda', Margalef d, Pielou J' 포함
- Shade plot 및 Bubble plot 시각화 기법 — 종-정점 매트릭스 패턴 탐지 방법
자주 묻는 질문
PRIMER 소프트웨어는 어디에 사용하나요?
PRIMER는 생태 군집 데이터의 다변량 분석에 특화된 소프트웨어입니다. 해양, 담수, 육상 조사에서 얻은 종 풍도 매트릭스를 분석하는 표준 도구로, nMDS 서열화, ANOSIM/PERMANOVA 가설 검정, SIMPER 종 기여도, BEST/BIO-ENV 환경 매칭 등이 핵심 분석입니다.
ANOSIM과 PERMANOVA의 차이점은 무엇인가요?
ANOSIM은 R 통계량(-1~+1)을 사용하는 비모수 순위 기반 검정입니다. PERMANOVA는 Pseudo-F 통계량을 사용하는 순열 기반 분산분석으로, 고정/임의/내포 요인이 포함된 복잡한 실험 설계를 지원합니다. 다요인 설계에는 PERMANOVA가 더 강력하고, 단순 일원 비교에는 ANOSIM이 간편합니다.
nMDS 스트레스 값은 어떻게 해석하나요?
스트레스 0.05 미만은 2D에서 데이터를 매우 잘 표현합니다. 0.10 미만은 좋음, 0.20 미만은 여전히 유용하고 해석 가능하지만, 0.30 이상이면 서열화가 본질적으로 무작위이므로 해석해서는 안 됩니다. 스트레스가 높으면 3D로 차원을 높이거나 시료 수를 줄여보세요.
Bray-Curtis와 유클리드 거리는 언제 각각 사용하나요?
Bray-Curtis 유사도는 생물 풍도 데이터의 표준입니다. 공동 부재(두 정점에서 모두 없는 종)에 영향받지 않는 장점이 있습니다. 유클리드 거리는 수온, 염분, 수심 등 연속형 환경 데이터에 적합하며, 거리 행렬 계산 전에 정규화(Normalise)가 필요합니다.
SIMPER 분석 결과는 무엇을 알려주나요?
SIMPER(유사도 백분율 분석)는 그룹 내 유사도와 그룹 간 비유사도에 가장 많이 기여하는 종을 식별합니다. 각 종의 평균 기여도(%)와 누적 %를 보고하며, 평균 비유사도/표준편차 비율이 1.4 이상인 종은 좋은 판별종으로 간주됩니다. 보통 상위 5~10종이 패턴의 대부분을 설명합니다.
BEST/BIO-ENV와 DistLM은 어떻게 다른가요?
BEST/BIO-ENV는 생물 유사도 행렬과 가장 잘 상관(Spearman rho)되는 환경 변수 조합을 찾습니다. DistLM(거리 기반 선형모형)은 각 환경 변수가 군집 데이터 변이의 얼마를 설명하는지 AICc나 조정된 R-제곱 같은 모형 선택 기준으로 정량화합니다. DistLM 결과는 dbRDA 제약 서열화로 시각화할 수 있습니다.
어떤 데이터 변환을 사용해야 하나요?
분석 목적에 따라 다릅니다. 변환 없음은 우점종을 강조합니다. 제곱근 변환이 가장 일반적인 범용 선택입니다. 4제곱근은 우점종 가중치를 더 낮춰 희소종에 더 큰 영향력을 줍니다. Log(X+1)은 극도로 치우친 데이터에 유용하며, 출현/미출현은 풍도와 관계없이 모든 종을 동등하게 취급합니다.
이 PRIMER 레퍼런스는 무료인가요?
네, 이 PRIMER 레퍼런스는 사용 제한, 계정 등록, 소프트웨어 설치 없이 완전히 무료입니다. 모든 콘텐츠는 브라우저에서 렌더링되며 서버로 데이터가 업로드되지 않습니다. PRIMER v7과 PERMANOVA+의 실용적인 빠른 참조 도우미로 설계되었습니다.