liminfoRestriction Enzyme Database
제한효소 인식서열/절단부위 데이터베이스
Restriction Enzyme Database 소개
제한효소 데이터베이스는 분자 클로닝, DNA 조작, 유전공학에 사용되는 Type II 제한효소의 종합 레퍼런스입니다. 15개 이상의 주요 6-cutter 효소(EcoRI G^AATTC, BamHI G^GATCC, HindIII A^AGCTT, XhoI C^TCGAG, NdeI CA^TATG, KpnI GGTAC^C, SalI, PstI, SpeI, NheI, BglII, EcoRV, SmaI), 8-cutter 희귀 절단 효소(NotI GC^GGCCGC 약 65,536 bp마다 절단, PacI, SwaI), 특수 효소를 다룹니다.
5' 돌출 말단, 3' 돌출 말단, 평활 말단의 상세한 절단 패턴과 호환 말단 쌍(BamHI/BglII, XhoI/SalI, SpeI/NheI)을 포함합니다. CutSmart 범용 버퍼 조성(50 mM KOAc, 20 mM Tris-OAc, 10 mM Mg(OAc)2), Star activity 원인 및 High-Fidelity 효소를 활용한 방지법, Dam/Dcm 메틸화가 효소 활성에 미치는 영향, 접착 말단 및 평활 말단 연결을 위한 T4 DNA Ligase 프로토콜을 다룹니다.
특수 효소 섹션에서는 점 돌연변이 유발 시 메틸화 DNA 분해용 DpnI, Golden Gate 및 MoClo 클로닝용 Type IIS 효소(BsaI, BsmBI, BbsI)의 커스텀 접착 말단 생성, 등온 증폭용 닉킹 효소, 14-40 bp 인식 서열의 호밍 엔도뉴클레아제, 동위이성체/신위이성체 쌍을 상세히 설명합니다. NEB 카탈로그 번호가 포함되어 주문이 용이합니다.
주요 기능
- 15개 이상 Type II 6-cutter 제한효소의 완전한 인식 서열과 절단 다이어그램 — NEB 카탈로그 번호 포함
- 희귀 8-cutter 효소 레퍼런스(NotI, PacI, SwaI) — 게놈 매핑용 절단 빈도 계산 포함
- 효소 간 호환 접착 말단 쌍 매핑(BamHI/BglII, XhoI/SalI, SpeI/NheI) — 유연한 클로닝 전략 지원
- CutSmart 범용 버퍼 조성 및 NEB 제한효소 95% 이상 호환 데이터
- Star activity 원인, 방지 전략, High-Fidelity(HF) 효소 대안으로 깨끗한 절단 보장
- Dam/Dcm 메틸화 민감성 레퍼런스 — E.coli 메틸화에 의해 차단되는 효소 목록
- Type IIS 효소 가이드(BsaI, BsmBI, BbsI) — Golden Gate/MoClo 조립용 절단 거리 명세
- T4 DNA Ligase 프로토콜 — 접착/평활 말단별 온도, 시간, 벡터:인서트 몰비 권장사항
자주 묻는 질문
이 데이터베이스에 포함된 제한효소는 무엇인가요?
15개 이상의 주요 6-cutter 효소(EcoRI, BamHI, HindIII, XhoI, NdeI, KpnI, SalI, PstI, SpeI, NheI, BglII, EcoRV, SmaI), 8-cutter 희귀 절단 효소(NotI 8 bp 인식 ~65,536 bp마다 절단, PacI, SwaI), DpnI(메틸화 의존), Golden Gate 조립용 Type IIS 효소, 닉킹 효소, 호밍 엔도뉴클레아제 등 특수 효소를 다룹니다. 각 효소의 NEB 카탈로그 번호가 제공됩니다.
5' 돌출 말단, 3' 돌출 말단, 평활 말단 절단의 차이는 무엇인가요?
5' 돌출 말단(예: EcoRI G^AATTC)은 5' 쪽에 단일가닥 연장부를 남겨 연결이 용이한 "접착 말단"을 생성합니다. 3' 돌출 말단(예: KpnI GGTAC^C, PstI)은 3' 쪽에 연장부를 남깁니다. 평활 말단(예: EcoRV GAT^ATC, SmaI CCC^GGG)은 양쪽 가닥을 같은 위치에서 절단합니다. 접착 말단이 평활 말단보다 훨씬 효율적으로 연결됩니다.
호환 접착 말단을 생성하는 제한효소는 무엇인가요?
주요 호환 말단 쌍: BamHI(G^GATCC)와 BglII(A^GATCT)는 호환되는 4 nt 5' 돌출 말단 생성; XhoI(C^TCGAG)와 SalI(G^TCGAC); SpeI(A^CTAGT)와 NheI(G^CTAGC). 호환 효소로 절단된 단편은 서로 연결할 수 있지만, 생성된 하이브리드 부위는 원래 효소로 다시 절단되지 않을 수 있습니다.
Star activity란 무엇이며 어떻게 방지하나요?
Star activity는 인식 서열과 유사하지만 동일하지 않은 부위에서의 비특이적 절단입니다. 높은 글리세롤 농도(>5%), 효소 과량, 긴 반응 시간(>4시간), 비최적 버퍼/pH, 유기 용매가 원인입니다. NEB의 High-Fidelity(HF) 효소 사용, 필요 최소량의 효소 사용, 반응 시간을 1시간 이하로 유지하여 방지할 수 있습니다.
Dam/Dcm 메틸화는 제한효소 절단에 어떤 영향을 미치나요?
E.coli Dam 메틸화효소는 GATC를 G(m6A)TC로, Dcm 메틸화효소는 CCAGG/CCTGG를 C(m5C)로 변형합니다. Dam 메틸화에 의해 차단되는 효소(BclI, ClaI, MboI, XbaI)와 Dcm 메틸화에 의해 차단되는 효소(EaeI, AvaII)가 있습니다. 표적 부위가 영향을 받는 경우 dam-/dcm- E.coli 균주에서 플라스미드 DNA를 준비해야 합니다.
CutSmart 버퍼란 무엇이며 어떤 효소와 호환되나요?
CutSmart는 NEB 범용 버퍼로 50 mM 아세트산칼륨, 20 mM Tris-아세트산, 10 mM 아세트산마그네슘, 100 ug/mL BSA를 포함하며 pH 7.9(25도)입니다. NEB 제한효소의 95% 이상이 CutSmart 버퍼에서 활성을 보여, 두 효소가 같은 반응에서 작동해야 하는 이중 절단에 이상적입니다.
Type IIS 효소는 Golden Gate 조립에서 어떻게 작동하나요?
Type IIS 효소(BsaI, BsmBI, BbsI)는 인식 서열 외부의 정해진 거리에서 절단하여 커스텀 4-뉴클레오티드 접착 말단을 생성합니다. 예를 들어, BsaI는 GGTCTC에서 1 nt 하류를 절단합니다. 이 특성으로 단일 반응에서 여러 DNA 단편의 이음새 없는 조립이 가능하며, Golden Gate 및 MoClo 모듈식 클로닝 시스템의 기반이 됩니다.
T4 DNA Ligase의 최적 반응 조건은 무엇인가요?
접착 말단 연결은 16도에서 30분~1시간, 평활 말단 연결은 16도에서 2시간~하룻밤 반응합니다. ATP가 포함된 1x T4 Ligase Buffer를 사용합니다. 벡터:인서트 권장 몰비는 1:3~1:5입니다. NEB Quick Ligase는 25도에서 5분 만에 연결이 가능하여 빠른 클로닝 워크플로에 적합합니다.