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WoRMS Reference

WoRMS 해양생물 분류학 DB/AphiaID 검색 레퍼런스

25개 결과

WoRMS Reference 소개

WoRMS 레퍼런스는 Flanders Marine Institute(VLIZ)가 관리하는 해양생물 분류학의 권위 있는 데이터베이스인 세계해양생물종목록(WoRMS)을 다루는 검색 가능한 빠른 참조 가이드입니다. 개요(24만 종 이상의 유효종, 500명 이상의 전문가 편집자, 서식 환경 플래그, Darwin Core Archive 및 CC-BY 4.0 라이선스 데이터 다운로드, 주요 분류군 특별 컬렉션), AphiaID(고유 분류군 식별자, scientificname/authority/status/rank 등 AphiaRecord 필드 구조, 영구 인용을 위한 LSID), 분류학(분류학적 상태 유형, 이명 관리, 분류 계층 조회, 분류군 트리 탐색, 인용 형식, 모식산지, 대안 분류 표현), API(학명 검색, 일반명, 분포, 대량 매칭을 위한 REST API 엔드포인트와 R 패키지 worrms 및 Python 예제), 연동 DB(Marine Regions MRGID, OBIS 연동, MolluscaBase/WoRDSS 등 하위 등록부, 분류군 속성)의 5개 카테고리로 구성되어 있습니다.

WoRMS는 해양 생물다양성 데이터 표준화의 근간입니다. 연구자, 해양 생물학자, 환경 기관은 분류학적 모호성을 해결하기 위해 WoRMS를 사용합니다: 한 종이 여러 이름(이명)으로 기재된 경우, WoRMS는 모든 이름을 하나의 유효명과 AphiaID로 연결합니다. 이 표준화는 생물다양성 평가, 환경 영향 연구, 수산 관리, 보전 계획에 핵심적입니다. 500명 이상의 분류학 편집자가 각 분류군의 학명 기록을 검토하고 유지하는 커뮤니티 기반 데이터베이스로, 자동화된 프로세스가 아닌 전문가 동료 검토를 통해 정확성을 보장합니다.

이 레퍼런스는 대규모 데이터 통합을 위한 프로그래밍 접근을 가능하게 하는 WoRMS REST API를 다룹니다. API는 학명 검색(퍼지 매칭 지원), 전체 분류 계층 조회, 다국어 일반명 가져오기, Marine Regions과 연결된 지리적 분포 쿼리, 단일 요청으로 최대 50개 학명의 대량 매칭을 지원합니다. R(worrms 패키지의 wm_records_name, wm_classification, wm_children, wm_synonyms)과 Python(requests를 통한 직접 REST 호출) 통합 예제가 제공됩니다. 모든 콘텐츠는 즉시 검색과 카테고리 필터링으로 브라우저에서 탐색할 수 있습니다.

주요 기능

  • WoRMS 데이터베이스 개요: 24만 종 이상 유효종, 500명 이상 전문가 편집자, 서식 환경 플래그, CC-BY 4.0 데이터 다운로드, 특별 컬렉션
  • AphiaID 시스템 설명: 고유 분류군 식별자, AphiaRecord 필드(scientificname, authority, status, rank, valid_AphiaID), 영구 인용을 위한 LSID
  • 분류학 레퍼런스: 분류학적 상태 유형(accepted/unaccepted/nomen dubium), 이명 해결, 분류 계층(계-종), 분류군 트리 탐색
  • REST API 엔드포인트: 퍼지 매칭을 통한 학명 검색, 일반명 조회, 분포 쿼리, 대량 매칭(요청당 최대 50개)
  • R(worrms 패키지)과 Python(requests 라이브러리)의 실용적인 API 통합 패턴을 보여주는 코드 예제
  • 연동 DB 수록: Marine Regions(MRGID), OBIS 해양 생물다양성 기록, 하위 등록부(MolluscaBase, WoRDSS, IRMNG), 분류군 속성
  • 논쟁 중인 분류 체계의 대안 표현 처리(예: Magallana gigas vs Crassostrea gigas) 및 인용 형식 가이드
  • 서버 처리 없이 모든 WoRMS 개념을 즉시 검색 및 카테고리 기반 필터링

자주 묻는 질문

WoRMS란 무엇이고 이 레퍼런스는 무엇을 다루나요?

WoRMS(World Register of Marine Species)는 Flanders Marine Institute(VLIZ)가 500명 이상의 전문가 편집자와 함께 관리하는 해양생물 분류학의 권위 있는 글로벌 데이터베이스입니다. 이 레퍼런스는 개요(범위, 편집자, 환경 플래그, 다운로드), AphiaID(식별자, 레코드 구조, LSID), 분류학(상태, 이명, 분류 체계, 분류군 트리, 인용), API(검색, 일반명, 분포, 대량 매칭을 위한 REST 엔드포인트와 R/Python 예제), 연동 DB(Marine Regions, OBIS, 하위 등록부, 속성)의 5개 영역을 다룹니다.

AphiaID란 무엇이고 왜 중요한가요?

AphiaID는 WoRMS에서 각 분류군에 부여된 고유 숫자 식별자입니다. 예를 들어 Crassostrea gigas의 AphiaID는 140656입니다. 이름 변경, 이명, 분류학적 재분류와 관계없이 해양 종에 대한 안정적이고 명확한 참조점을 제공하기 때문에 중요합니다. AphiaID나 LSID(urn:lsid:marinespecies.org:taxname:140656)를 인용하면 해당 분류군을 영구적으로 식별합니다. 연구자들은 OBIS, GBIF, 기관 컬렉션 간의 종 데이터 표준화에 AphiaID를 사용합니다.

WoRMS는 이명(동의어)을 어떻게 처리하나요?

한 종이 여러 이름으로 기재된 경우, WoRMS는 모든 이명(비유효명)을 하나의 유효명으로 연결합니다. /AphiaSynonymsByAphiaID/{id} 엔드포인트로 특정 분류군의 모든 이명을 조회합니다. 예를 들어 Crassostrea gigas의 이명에는 Ostrea gigas(원기재명)와 Crassostrea angulata(포르투갈굴)가 포함됩니다. 각 이명은 고유 AphiaID를 갖지만 유효명을 가리키는 valid_AphiaID를 포함합니다. status 필드로 accepted, unaccepted, nomen dubium, taxon inquirendum 여부를 나타냅니다.

WoRMS REST API로 종을 어떻게 검색하나요?

/AphiaRecordsByName/{name}에 GET 요청을 보냅니다. 예: /AphiaRecordsByName/Crassostrea+gigas. 응답은 AphiaRecord 객체의 JSON 배열입니다. like=true로 퍼지 매칭(철자 오류에 유용), marine_only=true로 해양종만 제한합니다. 대량 작업은 /AphiaRecordsByMatchNames에 최대 50개 학명을 POST합니다. API는 exact, phonetic, near_1, near_2 매칭 수준으로 매칭된 레코드를 반환합니다.

이 레퍼런스에서 다루는 연동 데이터베이스는 무엇인가요?

Marine Regions(EEZ, 대형 해양 생태계 등 지리적 영역의 MRGID 식별자, WoRMS 분포 데이터에서 사용), OBIS(AphiaID로 표준화된 종 출현 기록의 해양 생물다양성 정보 시스템), 하위 등록부(연체동물의 MolluscaBase, 심해종의 WoRDSS, 해양/비해양 속의 IRMNG 등 전문 데이터베이스), 분류군 속성(체장, 서식처, IUCN 적색목록 상태, 기능 그룹, 외래종 상태 등 외부 DB 통합 속성)을 다룹니다.

R이나 Python에서 WoRMS 데이터에 프로그래밍 방식으로 어떻게 접근하나요?

R에서는 worrms 패키지를 설치합니다: install.packages("worrms"). 주요 함수는 검색을 위한 wm_records_name("종명"), 분류 체계를 위한 wm_classification(AphiaID), 하위 분류군을 위한 wm_children(id), 이명을 위한 wm_synonyms(id)입니다. Python에서는 requests 라이브러리로 REST API를 직접 호출합니다: requests.get("https://www.marinespecies.org/rest/AphiaRecordsByName/Crassostrea+gigas").json(). 두 접근 모두 AphiaID, 학명, 명명자, 분류 계층을 포함한 구조화된 데이터를 반환합니다.

WoRMS에서 대안 분류 표현(alternate representation)이란 무엇인가요?

일부 분류군은 과학적으로 논쟁 중인 복수의 유효한 분류가 존재합니다. 예를 들어 태평양굴은 어떤 분류학적 개정을 따르느냐에 따라 Magallana gigas 또는 Crassostrea gigas로 분류될 수 있습니다. WoRMS는 하나를 정답, 다른 하나를 이명으로 선언하는 대신 둘 다 "대안 표현"으로 등록합니다. 사용자가 선호하는 분류를 선택할 수 있습니다. 이 접근은 성급한 결론을 강요하지 않고 진행 중인 과학적 논쟁을 투명하게 반영합니다.

이 레퍼런스 사용 시 데이터가 서버로 전송되나요?

아닙니다. 전체 WoRMS 레퍼런스 데이터셋은 페이지에 내장되어 클라이언트 사이드로 렌더링됩니다. 카테고리 탐색, 검색, 항목 열람 모두 JavaScript로 브라우저 내에서만 이루어집니다. 종명, 검색 쿼리, 분류학 데이터가 어떤 서버로도 전송되지 않습니다. 실시간 WoRMS 데이터베이스를 쿼리하려면 레퍼런스에 문서화된 REST API 엔드포인트를 사용하세요. 해당 쿼리는 marinespecies.org의 WoRMS 서버로 직접 전송됩니다.