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생물 분류체계 검색 (계/문/강/목/과/속/종)
Taxonomy Database 소개
생물 분류학 데이터베이스는 3역 6계에 걸친 생명체의 계층적 분류를 다루는 종합 레퍼런스입니다. 세균역(펩티도글리칸 세포벽, 70S 리보솜, 이분법, 주요 문: Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria), 고세균역(에테르 결합 지질, 극한환경 생물, Euryarchaeota, Crenarchaeota, Thaumarchaeota), 진핵생물역의 4개 계(동물계, 식물계, 균계, 원생생물계)를 상세히 다룹니다.
분류 체계 섹션에서는 7단계 분류 계급(역-계-문-강-목-과-속-종), 린네의 이명법 규칙, 공유파생형질(synapomorphy)과 단계통(monophyly) 등 분지학 핵심 개념, 그리고 Neighbor-Joining, 최대절약법, 최대우도법, 베이지안 추론 등 계통수 구축 방법과 MEGA, RAxML, IQ-TREE 등의 분석 도구를 수록하고 있습니다.
6개 모델 생물의 분류 예시와 NCBI Taxonomy ID(인간 #9606, 대장균 #562, 효모 #4932, 애기장대 #3702, 생쥐 #10090, 초파리 #7227), 주요 데이터베이스(NCBI Taxonomy, ITIS, GBIF), 분자 마커(16S/18S rRNA 프라이머), SILVA rRNA 데이터베이스, Baltimore 바이러스 분류 체계(7그룹)까지 포괄합니다.
주요 기능
- 3역 6계 상세 특성: 세포벽 구성, DNA 구조, 대사 경로별 분류
- "Dear King Philip" 암기법과 함께하는 완전한 7단계 분류 계급 체계
- 이명법 규칙: 속명 대문자, 종명 소문자, 이탤릭체, 기재자 표시 규약
- 6개 모델 생물 분류와 NCBI Taxonomy ID, 게놈 크기, 염색체 수 정보
- 계통수 구축 방법: NJ, UPGMA, 최대절약법, 최대우도법, 베이지안(MrBayes, BEAST)
- 16S/18S rRNA 프라이머 서열(27F/1492R)과 SILVA 데이터베이스 분류기 학습 안내
- 주요 분류학 DB: NCBI Taxonomy API, ITIS(TSN), GBIF(Darwin Core, Species API)
- Baltimore 바이러스 분류: dsDNA부터 dsDNA-RT까지 7그룹 대표 바이러스 과
자주 묻는 질문
생물의 3역 6계란 무엇인가요?
3역은 세균역(펩티도글리칸 세포벽 원핵생물), 고세균역(에테르 결합 지질 원핵생물), 진핵생물역(막성 세포소기관 보유)입니다. 6계는 진정세균계, 고세균계, 원생생물계, 균계(키틴 세포벽), 식물계(셀룰로스 세포벽, 광합성), 동물계(다세포 종속영양)입니다. 이 레퍼런스는 각 분류군의 리보솜 종류, DNA 구조, 증식 방법 등 구체적 특성을 다룹니다.
이명법(Binomial Nomenclature)이란 무엇인가요?
린네가 도입한 종 명명법으로 속명(대문자)+종명(소문자) 두 라틴어 이름을 이탤릭체로 표기합니다. 예: Homo sapiens(인간), Camellia sinensis(차나무). 최초 기재자를 이름 뒤에 표시합니다(예: Linnaeus, 1758). 이 레퍼런스는 올바른 표기 규칙과 다양한 생물계에 걸친 예시를 포함합니다.
NCBI Taxonomy 데이터베이스에서 종을 검색하려면?
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy에서 학명 또는 Taxonomy ID로 검색합니다. API 엔드포인트: efetch.fcgi?db=taxonomy&id=9606(인간). 이 레퍼런스에는 6개 모델 생물의 NCBI TaxID가 포함됩니다: 인간(9606), 대장균(562), 효모(4932), 애기장대(3702), 생쥐(10090), 초파리(7227). FTP로 전체 DB 다운로드도 가능합니다.
16S rRNA는 왜 분류학적 마커로 사용되나요?
16S rRNA는 모든 원핵생물에 존재하는 리보솜 RNA 유전자(약 1,500 bp)입니다. 보존 영역(범용 프라이머 결합)과 가변 영역(종 구별)을 모두 포함합니다. 표준 프라이머: 27F(AGAGTTTGATCMTGGCTCAG), 1492R(TACGGYTACCTTGTTACGACTT). 진핵생물에는 18S rRNA(약 1,800 bp)가 같은 역할을 합니다. 수평 전달이 적어 계통 분석에 신뢰성이 높습니다.
계통수를 구축하는 방법에는 어떤 것들이 있나요?
거리 기반 방법(Neighbor-Joining, UPGMA), 최대절약법(진화적 변화 최소화), 최대우도법(통계적으로 가장 확률 높은 계통수), 베이지안 추론(MrBayes, BEAST를 이용한 사후확률) 4가지 주요 방법을 다룹니다. 분석 도구로 MEGA, RAxML, IQ-TREE, PhyML을 사용하며, 부트스트랩 분석으로 분지 신뢰도를 평가합니다.
Baltimore 바이러스 분류 체계란?
게놈 유형과 복제 전략에 따라 바이러스를 7그룹으로 분류합니다: I(dsDNA: 헤르페스, 아데노), II(ssDNA: 파르보), III(dsRNA: 레오), IV(+ssRNA: 코로나, 플라비), V(-ssRNA: 인플루엔자, 에볼라), VI(ssRNA-RT: HIV), VII(dsDNA-RT: B형간염). ICTV(국제바이러스분류위원회)가 공식 바이러스 분류를 관할합니다.
단계통, 측계통, 다계통의 차이점은?
분지학에서 단계통군(clade)은 공통 조상과 모든 후손을 포함합니다. 측계통군은 공통 조상을 포함하지만 일부 후손을 제외합니다. 다계통군은 여러 조상에서 유래한 생물을 포함합니다. 분지학은 조상형질(plesiomorphy)이 아닌 공유파생형질(synapomorphy)로 단계통군을 식별하는 것을 목표로 하며, 이것이 현대 계통 분류의 기본 원리입니다.
GBIF란 무엇이며 종 데이터에 어떻게 접근하나요?
GBIF(전 세계 생물 다양성 정보 기구)는 gbif.org에서 Darwin Core 표준을 사용하여 전 세계 생물 다양성 출현 데이터를 제공합니다. Species API로 접근: https://api.gbif.org/v1/species?name=Homo+sapiens. GBIF는 NCBI Taxonomy(서열 중심), ITIS(북미 종 중심)를 보완하여 전 세계 분포 기록과 생태 연구용 출현 데이터를 제공합니다.